第二座城市的位置选择直接影响后续资源获取和战略防御能力。理想选址需兼顾地理优势与资源分布，优先考虑靠近主城但不在同一资源带的位置，避免资源竞争。同时需评估周边地形，山地或河流环绕的区域能形成天然屏障，减少多线受敌风险。交通枢纽或关键道路附近也是优质选择，便于快速调兵和物资运输，但需注意此类区域可能成为兵家必争之地。
资源富集区是第二城选址的核心考量。石油、钢材等高需求资源点附近优先，确保长期发展不因资源短缺受限。需平衡资源类型，避免单一资源过度集中导致其他类型匮乏。若主城已覆盖某类资源，第二城应补充稀缺资源，例如主城侧重农业则第二城优先选矿脉区。同时注意野地等级，高级野地虽产出丰富但防守压力较大，需根据自身军事实力权衡。
防御属性是第二城选址不可忽视的因素。狭窄地形如山谷或半岛能限制敌军进攻路线，配合防御建筑可大幅降低防守难度。避免选择开阔平原或四通八达的交叉点，这类区域易遭多方向围攻。若选择海岸线附近，需同步发展海军力量以防海上偷袭。与盟友城市形成犄角之势能互相支援，但需提前沟通避免布局冲突。
长期战略需考虑第二城在全局中的角色。若定位为军事要塞，应靠近敌对势力活动区以压制其扩张；若定位为后勤基地，则需偏向地图腹地减少战火波及。后期城市联动也需规划，例如工业城与科研城的专业化分工。最终决策需结合实时战况动态调整，必要时可放弃部分理想条件以换取战略主动权。
选址后需立即建立基础防御和资源链，通过侦察持续监控周边威胁。灵活运用迁城功能可修正初期选址偏差，但频繁迁移会消耗大量资源，因此前期规划尤为重要。