开启迷失岛2仓库门的关键在于正确解开工厂大门机关。该机关需要将所有黑色方块翻转为电力标志图案，通过逐角攻克的方式更容易完成。翻转过程中需注意方块之间的联动关系，系统不会提供明确提示，需依靠视觉判断每个方块当前状态与目标状态的差异。
修复电线是进入仓库的重要前置条件。首先需在岛屿各处收集绝缘胶带和电线接头，这两样物品可能隐藏在神庙、海边或废弃飞船等场景中。获得物品后需找到电线的两个断口，分别位于灯塔附近和工厂区域，使用绝缘胶带连接断口并用接头固定。完成后需前往附近建筑启动电源，该电源通常位于工厂内部某个可交互设备上。
部分情况下仓库门还涉及密码锁机制。密码线索可能来自与NPC对话，如灯塔管理员会提示开门密码是：北南西东东北，这组方位词对应英文首字母缩写需转换为具体操作方向。另一种情况是需要在场景中寻找密码提示，例如神庙墙壁的图案或工厂左侧屋子的随机生成图案，这些图案往往与外星人尸体脚部的标记存在对应关系。
时间维度操作可能影响仓库门开启条件。若在现在时间线无法开启，需使用时间机器回到过去完成特定操作，如将种子交给少年种植。返回现在时间线后，成长的大树可能提供进入飞船的通道，飞船内获得的符石或能量块往往是最终解锁仓库门的关键道具。该机制要求玩家在不同时间线重复探索相同场景以触发状态变化。
仓库门开启后的后续操作需引起重视。进入仓库后应立即检查地面铁桶、墙上的画等可交互物品，这些可能包含推进剧情的重要道具。特别要注意仓库内手术台上的怪物，该场景暗示需要寻找缺失的器官来完成支线任务。若遇到无法互动的物品，通常意味着需要先完成其他区域的谜题或返回过去时间线获取对应道具。
解谜过程中建议系统记录已发现的线索。游戏内画板功能可保存关键图案，如工厂左侧屋子的随机密码或神庙墙上的数字符号对应关系。遇到复杂机关时，可先退出场景整理已有信息，避免在单一谜题上消耗过多时间。部分机关如方块翻转、线路连接等允许中途重置，这为试错提供了可能性。