主力编队的关键在于平衡防御和输出，同时考虑舰船站位和指挥值分配。前排要放能扛伤害的坦克型舰船，比如ST59或乌拉诺斯之矛，中后排则安排高火力单位，比如永恒风暴或卡利斯托。指挥值有限，尽量优先保证主力舰船满编，战巡和航母可以通过增援功能额外加入5艘，但要注意增援后舰队会变成普通航行速度。
舰船的站位由蓝图定位决定，无法手动调整，敌方会优先攻击前排。因此前排必须足够硬，避免中后排过早暴露在火力下。防御型舰船建议优先点护甲和能量抗性，输出型舰船则侧重冷却、暴击和命中。奶船在中后期作用有限，不如换成更多输出或防空单位，除非是专门用来刷野怪的低损耗配置。
主力队通常是慢速推进型，带战巡和巡洋舰；输出队则需要高移速，方便包夹敌人。驱护舰虽然脆，但闪避高且速度快，适合骚扰和拆家。如果遇到敌方航母多的阵容，记得在输出队里塞点防空舰或对空战机，光锥级和蜂巢守卫者都是不错的选择。
矿车和工程舰可以混编提升效率，比如用721运输舰搭配小型工程船。采矿平台能节省计划圈，但加成只对自己和同盟生效，容易引发争抢。前期野怪难度跳跃大，7级开始建议用主力队接敌，再派垃圾船勾引增援怪单挑。封锁任务性价比低，除非想刷野怪经验，否则别轻易尝试。
编队名字可以玩点心理战，比如把主力舰队标成炮灰队。撤退时记得用工程局加速回城，避免被追踪。维修只能在基地进行，预制模块带出门也没用。最后没有固定完美的编队，得根据对手阵容灵活调整，多打几次就知道怎么优化了。