三岛剧情是游戏后期的重要环节，玩家需要按照剧情提示前往三岛进行挑战和收集宝可梦。三岛位于游戏世界的南部海域，玩家需通过特定方式抵达。完成主线剧情至获得船票后，前往枯叶市的码头乘坐圣特安努号游轮，选择前往三岛的航线。登岛后，玩家会面临一系列任务，包括与火箭队成员对战、探索隐藏洞穴以及寻找关键道具。
三岛的地形较为复杂，玩家需注意关键地点的分布。登岛后，首先进入右侧的山洞，这里的草丛可能刷新稀有宝可梦，但捕捉概率较低，需耐心尝试。山洞内部结构曲折，部分区域需要利用推石或冲浪技能才能继续前进。在洞穴深处，玩家会遇到火箭队成员，击败后可获得红宝石等重要道具。山洞内还隐藏着生命宝珠等强化道具，探索时需仔细搜索每个角落。
离开山洞后，玩家需前往树果森林解决剧情任务。森林内的小迷被素利拍困扰，需击败它才能推进剧情。森林中的宝可梦种类较多，包括毛球、蛋蛋等草系或虫系宝可梦，建议提前准备相应属性的技能应对。完成任务后，返回二岛将陨石交给小迷的父亲，可获得月之石作为奖励。这一系列任务不仅推动剧情发展，也为后续挑战提供了必要的道具支持。
三岛的最后环节是挑战训练家并探索隐藏区域。在绊桥附近会遇到多位高等级训练家，对战胜利后可获得经验值与稀有道具。三岛港口附近的水域可使用冲浪技能探索，可能遭遇水系宝可梦如蚊香蛙或暴鲤龙。完成三岛的全部任务后，玩家可返回红莲岛继续主线剧情，或利用飞行技能快速往返其他区域。三岛的探索不仅丰富了游戏内容，也为玩家提供了强化队伍的机会。
从登岛到完成任务，每个环节都需注意细节，尤其是隐藏道具和宝可梦的分布。通过系统性的探索与对战，玩家能够顺利完成三岛剧情并为后续挑战奠定基础。