少年三国志列传的故事情节围绕三国经典人物展开，每个列传都还原了武将们的传奇经历。游戏巧妙融合历史事件与原创剧情，比如曹操列传重点刻画官渡之战前后的权谋较量，玩家需要保护曹操安全并依次击败廖化、赵云等对手，过程中穿插与徐晃、张辽等名将的互动对话。关羽列传则从身在曹营开始，通过斩颜良、诛文丑等经典战役展现武圣的忠义形象，挂印封金环节更是还原了封金挂印的历史名场面。
张角列传以黄巾起义为背景，分为少年出得道黄巾掩神州等四章，玩家需要操控张角完成击杀于吉替身、避开朝廷亲卫等任务。关卡设计充满策略性，比如在太平救世人章节中，必须优先击杀喽啰再打首领，同时利用草丛躲避精锐士兵追击。关银屏列传则侧重南中平叛剧情，风向机制成为玩法核心，玩家需把握风向时机击杀朵思大王保护百姓，过程中还要协调张星彩、法正等角色的行动顺序。
刘备传作为新手引导关卡，从桃园结义开始逐步展开剧情。玩家需要按顺序完成接皇榜、酒馆遇关羽、肉铺对话等任务，最终触发三兄弟结义动画。赵云列传重现长坂坡七进七出的经典场景，特别设计了护卫甘夫人、击杀夏侯恩夺青釭剑等细节，草丛引敌和绕栏杆的走位要求让战斗更具沉浸感。孙尚香列传则展现联姻背后的政治博弈，最终关卡需要巧妙卡位才能完成。
游戏在剧情还原上注重细节考究，比如王允使用连环计章节虽属虚构，但符合人物性格设定；吕布列传末路战充分展现其插翅难飞的悲壮感，貂蝉的痴心守护更添戏剧张力。部分列传如曹植篇加入仙侠元素，通过洛神赋剧情展现文采风流。所有列传都设置了完美通关条件，比如保护特定NPC或按特定顺序击杀敌人，这些设计让玩家在体验故事时必须讲究策略。
武将羁绊系统深化了剧情体验，张飞与刘备的桃园结义羁绊能提升整体战力，这种设计既符合历史又增强策略维度。特殊事件如青梅煮酒论英雄、献帝东迁等章节，通过对话选项让玩家参与重大决策。战斗机制与剧情紧密结合，比如水淹下邳关卡需要先破坏堤坝，衣带诏事件则需在限定时间内找出密信，这些设计让历史事件变得可交互。
剧情推进中埋藏了不少历史彩蛋，比如太史慈救援徐州虽属虚构，但参考了其重信义的性格特点；夏侯惇拔矢啖睛的壮举被做成战斗特效。部分冷门人物如卢植、皇甫嵩也有专属剧情线，通过剿灭黄巾军的战役展现其军事才能。游戏对三国典故的改编较为克制，主要事件如诛董卓、战宛城等都尽量还原史料记载的核心脉络，同时用动态战场和分支任务增强可玩性。