秘密纸条是解锁隐藏内容的重要线索，其中19号纸条指向镇长刘易斯的黄金雕像。这张纸条由柳巷1号的图画和箭头组成，玩家需从绿色方块标记的房屋门口出发，按箭头方向移动，最终绕到镇长家后方发现雕像。互动获取雕像后，将其放置在鹈鹕镇会触发额外剧情，这一设计巧妙地将解谜与探索结合，为玩家提供了挖掘游戏背景故事的乐趣。
另一项关键隐藏任务是20号纸条触发的卡车司机事件。持有纸条时前往Joja超市旁的卡车，与司机对话需提交兔子的脚作为交换物。兔脚可通过养殖兔子、刷骷髅洞穴怪物或旅行商人购买获得。完成任务后，玩家将永久提升运气属性，这一机制将收集、养成与增益效果紧密结合，鼓励玩家深入探索游戏中的非主线内容。
克林特家后院的宝箱也是值得关注的隐藏元素。宝箱被藤蔓掩盖，需矿工之钥才能开启。钥匙需在矿井深处击败怪物或探索隐藏区域获取，宝箱内并非传统奖励，而是记载铁匠家族历史的日记和指向隐藏洞穴的地图。这种叙事型奖励丰富了角色背景，让玩家在解谜过程中逐步拼凑星露谷的碎片化故事。
海底矿洞的解锁则依赖秘密地图任务。玩家需在沙滩触发与渔夫威利的对话，收集散落在森林、矿洞的地图碎片，组装后获得潜水装备进入海底区域。矿洞内有独特矿物资源和隐藏房间，需应对高难度怪物并破解环境谜题。这种多层级的探索设计，将剧情、战斗与资源收集融为一体，为玩家提供长线挑战目标。
游戏中的秘密遗迹并非孤立存在，而是通过纸条、道具和角色对话相互关联。例如刘易斯雕像事件后续可能与镇长其他剧情联动，而海底矿洞的文献又暗示了更古老的文明。这种网状叙事结构让玩家在解谜时不断发现新线索，形成探索-发现-再探索的良性循环，极大提升了游戏世界的沉浸感与可重玩性。