寻找并挑战Boss是游戏进程的核心内容之一。Boss分布在不同地形和生物群落中，玩家需要根据自身装备水平和游戏阶段选择合适的挑战目标。地下洞穴是早期Boss的主要生成区域，如骷髅王常在地牢附近出现，而蜂后则隐藏在丛林地下的蜂巢中。腐化之地或血腥之地会生成世界吞噬者或克苏鲁之脑，这些Boss需要特定条件或道具才能召唤。
地狱最深处的血肉之墙是开启困难模式的关键Boss，必须通过向导巫毒娃娃召唤。困难模式后，机械三王（双子魔眼、毁灭者、机械骷髅王）会在地下或地牢附近生成，世纪之花则需在丛林神庙击败石巨人后触发。神圣之地的光之女皇和猪龙鱼公爵等后期Boss需要更复杂的召唤条件，如日光石碑碎片或特定渔获。事件Boss如霜月期间的圣诞坦克和常绿尖叫怪则会在特定时间自动生成。
Boss的召唤方式多样，部分通过破坏环境物体触发，如蜂巢中的幼虫；部分需合成特定道具，如机械蠕虫核心或血腥脊椎；还有Boss会在满足条件后自然生成，如克苏鲁之眼在玩家达到一定属性后夜间随机出现。地牢、丛林神庙和空岛等特殊结构往往隐藏着高级Boss的召唤条件或战利品，探索这些区域是寻找Boss的重要途径。
战斗场地准备直接影响Boss战难度。开阔空间适合应对飞行类Boss，如双子魔眼；多层平台有助于躲避地面攻击，如对抗毁灭者；封闭空间可限制某些Boss的行动模式。合理利用环境方块和增益药水能显著提升战斗效率，如蜂蜜池提供生命恢复，黑曜石皮肤药水抵御熔岩伤害。Boss战后的奖励包括武器、材料和开启新阶段的钥匙物品，这些是推进游戏进程的必要资源。
最终Boss月亮领主的召唤需要击败四柱事件，这要求玩家具备完整的装备体系和战斗策略。整个Boss挑战流程呈现明显的阶梯式难度曲线，从史莱姆王到月亮领主，每个Boss都对应着特定的装备阶段和探索深度。系统化的Boss挑战路径设计，使得玩家能通过阶段性目标逐步掌握游戏机制并提升角色强度。