初始三主宠妙蛙种子、小火龙和杰尼龟的获取位置具有唯一性。游戏开始时玩家只能在大木研究所的桌子上三选一，这是获取初始宝可梦的唯一途径。选择后另外两只将无法通过正常游戏方式获得，除非通过联机交换或特定事件触发。
初始选择后，未被选中的两只主宠不会出现在野外或任何固定位置。与后续世代不同，火红版没有设置野外遭遇三主宠的设计。这意味着玩家若想集齐三只初始宝可梦，必须通过与其他玩家联机交换完成。游戏内NPC不会主动赠送或提供另外两只初始宝可梦的获取途径。
三主宠的进化形态同样遵循这个规则。妙蛙草、妙蛙花、火恐龙、喷火龙、卡咪龟和水箭龟都只能通过初始选择的宝可梦进化获得。游戏中的NPC训练师会使用这些进化形态，但玩家无法直接获取。某些特殊剧情如圣安奴号船上的对战会遭遇NPC使用未选择的初始宝可梦进化型，这属于战斗遭遇而非捕捉机会。
关于初始选择的策略，三主宠的属性克制关系直接影响前期游戏难度。选择小火龙会导致首个岩石系道馆处于属性劣势，而选择妙蛙种子则对前两个道馆都有优势。这种设计增加了游戏策略深度，但不会改变三主宠的获取方式。游戏进程中没有任何隐藏地点或特殊方法能补全未选择的主宠。
游戏后期在七岛剧情中会出现与三主宠相关的彩蛋内容，如在遗迹区域可看到三主宠的雕像，但这仅作为场景装饰。完成图鉴必须通过外部交换手段，游戏本身并未提供三主宠的重复获取渠道。该设定保持了初代宝可梦游戏的收集理念，强调玩家间的互动要素。
三主宠的特殊地位还体现在剧情对话中。大木博士会多次提及初始选择的重要性，竞争对手小茂也会根据玩家的选择调整自己的宝可梦阵容。这种设计强化了三主宠的专属感，使其成为玩家游戏历程的标志性符号。游戏内所有关于三主宠的提示都指向最初的二选一机制，没有任何暗示存在其他获取方式的线索。